اهم  وظایف واحد بهداشت محیط می توان به موارد زیر اشاره کرد:

1.  نظارت بر سلامت آب آشامیدنی کنترل و نظارت بر کنترل کیفی آب شرب در مناطق شهر و روستایی شامل ( سنجش کلر آزاد باقیمانده ، کنترل میکروبی ، شیمیایی و فیزیکی ) کنترل و نظارت بر ثبت صحیح و به موقع داده ها
2. کنترل و نظارت بر بهداشت استخرهای شنا ، شامل بازرسی و کنترل کیفی آب استخرهای شنا  و مراکز تفریحات آبی
3. نظارت بر بهداشت مواد غذایی از مزرعه تا سفره
4. نظارت و بازرسی از اماکن عمومی و زیارتگاهها و  مساجد
5.  نظارت و بازرسی از مراکز تهیه و تولید مواد غذایی و کارخانجات
6. رسیدگی به شکایات 190
7.  نظارت بر جمع آوری و دفع پسماندهای عادی و پزشکی و ویژه و....
8. آموزش و ارتقای سطح سواد سلامت اصناف و عموم مردم
9. نظارت و بازرسی از مراکز آموزشی و تربیتی و دانشگاه ها
10. نظارت بر بهداشت محیط مطب ها و درمانگاهها و مراکز بهداشتی و درمانی
11. برگزاری دوره های آموزشی برای پرسنل
12. اجرای ماده 13 قانون مواد خوردنی، آشامیدنی و... و پلمپ واحدهای متخلف
13. نظارت بر اجرای برنامه بهداشت فاضلاب در شهرها و روستاها
14. برنامه ریزی، اجرا، آموزش، مستندسازی نظارت و پایش و رسیدگی به استعلام ها و شکایات در امور پرتوپزشکی از جنبه های بهداشت و حفاظت دربرابر اشعه
15. اقدامات بهداشت محیط در بلایا ، شرایط اضطرار و پدافند غیرعامل
16. مشارکت در شناسایی و کنترل طغیان ها و همه گیری های ناشی از آب، غذا و بیماری های مشترک بین انسان ودام
17. نظارت بر اجرای قانون جامع کنترل و مبارزه  استعمال دخانیات و بهداشت محیط قهوه خانه ها و مراکز عرضه مواددخانی
18. نظارت بر عملکرد دفاتر خدمات سلامت
19. نظارت بر برنامه کنترل جمعیت حیوانات ناقل( سگ های بلاصاحب ، موش و حشرات – پشه آئدس)
20. نظارت بر تجهیزات، انبار سموم و مواد گندزدا و مدیریت اقلام در تامین، تخصیص، انبارداری ، توزیع و مصرف
21. تدوین برنامه عملیاتی برنامه های بهداشت محیط وپایش وارزیابی دوره ای  
22. برنامه ریزی و نظارت بر تشکیل تیم های عملیاتی مبارزه با حشرات و جوندگان و همکاری با واحد پیشگیری و مبارزه با بیماریها
23. نظارت بر فرآیند صدور کارت بهداشت، هماهنگ کننده با دفاتر پیشخوان دولت و دفاتر خدمات سلامت
24. تدوین و اجرای برنامه های استراتژیک ، عملیاتی و EOP  گروه بهداشت محیط
25. نظارت بر فرآیندهای کاری بهداشت محیط  مراکز وپایش مراکز وخانه های بهداشت
26. جرای برنامه های بهسازی روستا
27. بررسی ، نظارت و جمع بندی آمارها و گزارش های فنی و تخصصی مرتبط و ارسال آن به مراجع ذیصلاح
28. اقدام و پیگیری اجرای قوانین و مقررات بهداشت محیط واجرای روند ماده 13
29. شناسایی و اولویت بندی مشکلات بهداشت محیط
30. تلاش برای بهره مندی حداکثری از ظرفیت بخش خصوصی ، نهادها و انجمن های مردم نهاد در رفع مشکلات بهداشت محیط
31. برنامه ریزی و نظارت بر آزمایشگاه آب وفاضلاب
32. برنامه ریزی و نظارت در برنامه مبارزه با استعمال دخانیات